Viac

Zavolajte výstupné súbory v dočasnom adresári pomocou nástroja Processing Toolbox (python)


Potrebujem vytvoriť dočasné súbory ako medzivýstup, ktorý sa použije pri spracovaní algoritmov. Takže som implementoval toto:

Processing.runalgorithm ("tráva: v.to.rast.attribute", ..., žiadny)

Tento riadok vytvára výstup v priečinku C: Users ... AppData Local Temp AppData processing "priečinok" output.tif

V tomto dočasnom adresári sú vytvorené tri priečinky.

Teraz musím spustiť iný algoritmus:

Processing.runAlgorithm ("sága ...", vstup, ...)

Vstupom tohto je výstup posledného algoritmu, pokúšam sa o prístup, ale nemôžem.

Skúšam to s system.getTempFilenameInTempFolder ('output' + '.' + 'Tif'). Tento riadok má však prístup iba k jednému z troch priečinkov.

Skúmam stránku http://docs.qgis.org/2.6/pt_PT/docs/user_manual/processing/console.html a vyskúšam kód uvedený pre qgis 2.6 (ale nefungoval):

## dem = raster ## twi = výstup ret_slope = processing.runalg ("saga: slopeaspectcurvature", dem, 0, žiadny, žiadny, žiadny, žiadny, žiadny) ret_area = processing.runalg ("saga: catchmentarea (mass-fluxmethod) ) ", dem, 0, False, False, False, False, None, None, None, None, None) processing.runalg (" saga: topographicwetnessindex (twi), ret_slope ['SLOPE'], ret_area ['AREA'] , Žiadne, 1, 0, twi)

Čo môžem urobiť pre prístup k výstupu?


Počítam s tým, že výsledkom každého algoritmu spracovania je slovník, ktorého prvý prvok sa nazýva „VÝSTUP“. To znamená, že volanie ret_slope ['SLOPE'] by sa namiesto toho malo písať ako ret_slope ['OUPUT']


Nie som žiadny odborník v tejto oblasti, ale zdá sa mi jednoduchšie „pomenovať“ každý použitý algoritmus, ako napríklad:

výstupy_1 = processing.runalg ("qgis: fieldcalculator", vrstva, ..., žiadne) výstupy_2 = processing.runalg ("qgis: deletecolumn", výstupy_1, ..., výsledok)

To by vám malo umožniť ignorovať písanie na mieste, kde sú dočasné súbory uložené, a ich názov súboru.

Dúfam, že to pomôže!


Príručka pre vývojárov Python pre funkcie Azure Functions

Tento článok predstavuje úvod do vývoja funkcií Azure pomocou Pythonu. Nasledujúci obsah predpokladá, že ste si už prečítali príručku pre vývojárov Azure Functions.

Ako vývojára Pythonu by vás mohol zaujímať niektorý z nasledujúcich článkov:

Aj keď svoje funkcie Azure založené na Pythone môžete vyvíjať lokálne v systéme Windows, Python je podporovaný iba v hostiteľskom pláne založenom na systéme Linux, keď je spustený v Azure. Pozrite si zoznam podporovaných kombinácií operačný systém / runtime.


Samotná prechádzka adresármi funguje tak, ako ste ju zakódovali. Ak nahradíte obsah vnútornej slučky jednoduchým príkazom na tlač, uvidíte, že sa nachádza každý súbor:

Ak sa pri spustení vyššie uvedeného vyskytnú chyby, uveďte chybové hlásenie.

Aktualizované pre Python3

Ďalším spôsobom, ako vrátiť všetky súbory v podadresároch, je použitie modulu pathlib zavedeného v Pythone 3.4, ktorý poskytuje objektovo orientovaný prístup k manipulácii s cestami súborového systému (Pathlib je k dispozícii aj v Pythone 2.7 cez modul pathlib2 na PyPi):

Od verzie Python 3.5 podporuje modul glob aj rekurzívne vyhľadávanie súborov:

Zoznam súborov_ z ktoréhokoľvek z vyššie uvedených prístupov je možné iterovať bez potreby vnorenej slučky:

& # 39) vs Path.home ()). Prejdite si dokumentáciu a uvidíte, ktorý prístup uprednostňujete. & ndash joelostblom 20. júna 2017 o 13:36

Od pythonu & gt = 3,5 ďalej môžete použiť **, glob.iglob (cesta / **, rekurzívne = True) a zdá sa byť pytónsky riešenie, t. j .:

glob.iglob (cesta, rekurzivna = False)

Vráťte iterátor, ktorý dáva rovnaké hodnoty ako glob () bez toho, aby ich všetky ukladal súčasne.

2 - Ak je rekurzívna hodnota True, vzor „**“ sa bude zhodovať s ľubovoľnými súbormi a nulovým alebo viacerými adresármi a podadresármi.

3 - Ak adresár obsahuje súbory začínajúce sa na. predvolene sa nezhodujú. Zvážte napríklad adresár obsahujúci card.gif a .card.gif:

4 - Môžete tiež použiť rglob (vzor), ktorý je rovnaký ako volanie glob () s ** / pridaným pred daným relatívnym vzorom.


14 odpovedí 14

Uistite sa, že rozumiete trom návratovým hodnotám os.walk:

má nasledujúci význam:

  • root: Aktuálna cesta, ktorou sa „prechádza“
  • subdirs: Súbory v koreňovom adresári typu
  • súbory: Súbory v koreňovom adresári (nie v podadresároch) iného typu ako adresár

A namiesto reťazenia lomítkom použite os.path.join! Váš problém je filePath = rootdir + '/' + súbor - musíte previazať aktuálne "chodený" priečinok namiesto najvyššieho priečinka. Musí to byť teda filePath = os.path.join (root, file). „Súbor“ BTW je zabudovaný, takže ho bežne nepoužívate ako názov premennej.

Ďalším problémom sú vaše slučky, ktoré by mali byť napríklad tieto:

Ak ste to nevedeli, príkaz with pre súbory je skratkou:

Ak používate Python 3.5 alebo novší, môžete to urobiť v 1 riadku.

Ak je rekurzívna pravda, vzor '**' sa bude zhodovať s ľubovoľnými súbormi a nulovým alebo viacerými adresármi a podadresármi.

Ak chcete každý súbor, môžete použiť

Súhlaste s Dave Webbom, os.walk prinesie položku pre každý adresár v strome. Faktom je, že sa nemusíte starať o podpriečinky.

Tento kód by mal fungovať:

TLDR: Toto je ekvivalent hľadania -typu f na prechod všetkých súborov vo všetkých priečinkoch nižšie a vrátane aktuálneho:

Ako už bolo spomenuté v iných odpovediach, odpoveďou je os.walk (), ale dalo by sa to lepšie vysvetliť. Je to celkom jednoduché! Prejdime tento strom:

Currentpath je aktuálny priečinok, do ktorého sa pozerá. Zobrazí sa:

Takže sa to cykluje trikrát, pretože existujú tri priečinky: aktuálny, dokumenty a obrázky. V každej slučke plní premenné priečinky a súbory všetkými priečinkami a súbormi. Ukážme im:

Takže v prvom riadku vidíme, že sme v priečinku. , že obsahuje dva priečinky, konkrétne obrázky a dokumenty, a že existuje jeden súbor, konkrétne todo.txt. Aby ste sa dostali do týchto priečinkov, nemusíte robiť nič, pretože ako vidíte, automaticky sa opakuje a iba vám poskytne súbory v ľubovoľných podpriečinkoch. A všetky jej podpriečinky (aj keď v príklade ich nemáme).

Ak chcete iba prechádzať všetky súbory, ekvivalent find -type f, môžete to urobiť:


POUŽITIE A MOŽNOSTI

Yt-dlp môžete nakonfigurovať umiestnením ľubovoľnej podporovanej možnosti príkazového riadku do konfiguračného súboru. Konfigurácia sa načítava z nasledujúcich umiestnení:

Hlavná konfigurácia: Súbor daný --config-location

Prenosná konfigurácia: yt-dlp.conf v rovnakom adresári ako pribalený binárny súbor. Ak bežíte zo zdrojového kódu (& ltroot dir & gt / yt_dlp / __ main__.py), použije sa namiesto toho koreňový adresár.

Domáca konfigurácia: yt-dlp.conf v domovskej ceste zadanej pomocou -P "home: & ltpath & gt" alebo v aktuálnom adresári, ak takáto cesta nie je zadaná

Konfigurácia používateľa:

  • % XDG_CONFIG_HOME% / yt-dlp / config (odporúčané pre Linux / macOS)
  • % XDG_CONFIG_HOME% / yt-dlp.conf
  • % APPDATA% / yt-dlp / config (odporúčané pre Windows)
  • % APPDATA% / yt-dlp / config.txt

ukazuje na C: Users & ltuser name & gt v systéme Windows. % XDG_CONFIG_HOME% má tiež predvolené nastavenie

Konfigurácia systému: /etc/yt-dlp.conf

Napríklad s nasledujúcim konfiguračným súborom yt-dlp vždy extrahuje zvuk, nie kopíruje mtime, používa proxy a ukladá všetky videá do adresára YouTube vo vašom domovskom adresári:

Upozorňujeme, že možnosti v konfiguračnom súbore sú rovnaké možnosti ako prepínače používané pri bežných hovoroch príkazového riadku nesmie byť medzera po - alebo -, napr. -o alebo --proxy, ale nie - o alebo - proxy.

Môžete použiť --ignore-config, ak chcete zakázať všetky konfiguračné súbory pre konkrétne spustenie yt-dlp. Ak sa --ignore-config nachádza v ľubovoľnom konfiguračnom súbore, nenačíta sa žiadna ďalšia konfigurácia. Napríklad možnosť v prenosnom konfiguračnom súbore zabráni načítaniu používateľských a systémových konfigurácií. Okrem toho (z dôvodu spätnej kompatibility), ak sa --ignore-config nachádza v konfiguračnom súbore systému, konfigurácia používateľa sa nenačíta.

Autentifikácia pomocou súboru .netrc

Môžete tiež chcieť nakonfigurovať automatické ukladanie poverení pre extraktory, ktoré podporujú autentifikáciu (poskytnutím prihlasovacieho mena a hesla s --username a --password), aby sa pri každom spustení yt-dlp neposielali poverenia ako argumenty príkazového riadku a aby sa zabránilo sledovaniu čistého textu. heslá v histórii príkazov shellu. Môžete to dosiahnuť použitím súboru .netrc na báze extraktora. Preto budete musieť vo svojom $ HOME vytvoriť súbor .netrc a obmedziť oprávnenie na čítanie a zápis iba vy:

Potom môžete pridať poverenia pre extraktor v nasledujúcom formáte, kde odsávač je názov odsávača malými písmenami:

Ak chcete aktivovať autentifikáciu pomocou súboru .netrc, mali by ste odovzdať --netrc do súboru yt-dlp alebo ho umiestniť do konfiguračného súboru.

V systéme Windows možno budete musieť manuálne nastaviť premennú prostredia% HOME%. Napríklad:


Zavolajte výstupné súbory do dočasného adresára cez Processing Toolbox (python) - Geografické informačné systémy

Juicer je platforma pre analýzu Hi-C dát s rozlíšením kilobáz. V tejto distribúcii zahrňujeme kanál na generovanie Hi-C máp zo súborov fastq raw data a nástroje príkazového riadku pre anotáciu prvkov na Hi-C mapách.

Odšťavovač je momentálne v beta verzii, odšťavovač verzie 1.6. Ak máte všeobecné otázky, použite skupinu Google.

Ak máte ďalšie ťažkosti s používaním odšťavovača, neváhajte nás kontaktovať ([email protected])

Ak vo svojom výskume používate odšťavovač, uveďte: Neva C. Durand, Muhammad S. Shamim, Ido Machol, Suhas S. P. Rao, Miriam H. Huntley, Eric S. Lander a Erez Lieberman Aiden. „Odšťavovač poskytuje systém jediným kliknutím na analýzu experimentov Hi-C s rozlíšením slučky.“ Cell Systems 3 (1), 2016.

Rozsiahlu dokumentáciu nájdete na wiki.

Časté otázky alebo kladenie nových otázok nájdete na našom fóre: aidenlab.org/forum.html.

V tomto úložisku uvádzame skripty na spustenie odšťavovača na AWS, LSF, Univa Grid Engine, SLURM a jednom CPU

/ AWS - skripty na spustenie potrubia a postprocesing na AWS

/ UGER - skripty na spustenie pipeline a postprocesing na UGER (Univa)

/ SLURM - skripty na spustenie potrubia a postprocesing na SLURM

/ LSF - skripty pre spustenie pipeline a postprocesing na LSF BETA

/ CPU - skripty na spustenie pipeline a postprocesing na jednom CPU BETA

/ misc - rôzne užitočné skripty

Hardvérové ​​a softvérové ​​požiadavky

Juicer je kanál optimalizovaný pre paralelné výpočty v klastri. Odšťavovač sa skladá z dvoch častí: potrubia, ktoré vytvára súbory Hi-C zo surových údajov, a nástrojov príkazového riadku po spracovaní.

Odšťavovač vyžaduje použitie klastra s ideálne & gt = 4 jadrami (min. 1 jadro) a & gt = 64 GB RAM (min. 16 GB RAM)

Juicer v súčasnosti pracuje s týmto softvérom na správu zdrojov:

Požiadavky na odšťavovač

Minimálna požiadavka na softvér na spustenie odšťavovača je funkčná inštalácia Java (verzia & gt = 1,7) v systémoch Windows, Linux a Mac OSX. Odporúčame používať najnovšiu dostupnú verziu Java, nepoužívajte však verziu Java Beta. Minimálne systémové požiadavky na spustenie Java nájdete na https://java.com/en/download/help/sysreq.xml

Ak si chcete stiahnuť a nainštalovať najnovšie Java Runtime Environment (JRE), choďte na https://www.java.com/download

Najnovšiu verziu GNU coreutils si môžete stiahnuť z https://www.gnu.org/software/coreutils/manual/

Burrows-Wheeler Aligner (BWA)

Najnovšia verzia aplikácie BWA by sa mala nainštalovať z adresy http://bio-bwa.sourceforge.net/

CUDA (pre špičkové volania HiCCUPS)

Na inštaláciu CUDA musíte mať NVIDIA GPU.

Pokyny na inštaláciu najnovšej verzie CUDA nájdete na stránke vývojárov NVIDIA.

Natívne knižnice dodávané s Juicerom sú kompilované pre CUDA 7 alebo CUDA 7.5. Na stránke na stiahnutie nájdete Juicer Tools.

Môžu sa použiť aj iné verzie CUDA, ale budete si musieť stiahnuť príslušné natívne knižnice z JCuda.

Pre najlepší výkon použite vyhradený GPU. Prístup ku klastrom GPU môžete získať aj prostredníctvom webových služieb spoločnosti Amazon alebo miestnej výskumnej inštitúcie.

V dokumentácii Juicebox na https://github.com/theaidenlab/Juicebox nájdete podrobnosti o vytváraní nových pohárov nástrojov juicer_tools.

Spustite odšťavovač vo svojom klastri podľa výberu s „juicer.sh [možnosti]“

  • Spustený odšťavovač bez argumentov ho spustí s genomeID hg19 a webom MboI
  • Poskytnutie ID genómu: ak to nie je definované v skripte, môžete buď priamo upraviť skript, alebo poskytnúť skriptu potrebné súbory. Skriptu by ste poskytli potrebné súbory cez „-z reference_sequence_path“ (musí mať indexové súbory BWA v rovnakom adresári), „-p chrom_sizes_path“ (jedná sa o chromozómy, ktoré chcete zahrnúť do súboru .hic), a „- s site_file "(toto je zoznam všetkých umiestnení miest s obmedzením, jeden riadok na chromozóm). Upozorňujeme, že v tomto prípade nebude definované ligačné spojenie. Skript (misc / generate_site_positions.py) vám môže pomôcť pri generovaní súboru
  • Poskytnutie reštrikčného enzýmu: ak to nie je definované v skripte, môžete buď priamo upraviť skript, alebo poskytnúť potrebné súbory pomocou príznaku „-s site_file“, ako je uvedené vyššie. Prípadne, ak nechcete robiť žiadnu analýzu na úrovni fragmentov (ako pri experimente DNAse), mali by ste stránke priradiť „žiadny“, ako v juicer.sh -s žiadny
  • Štruktúra adresárov: Juicer očakáva, že súbory fastq budú uložené v adresári pod adresárom najvyššej úrovne. Napr. HIC001 / fastq. V predvolenom nastavení je adresár najvyššej úrovne adresár, v ktorom sa nachádzate pri spustení odšťavovača. Môžete to zmeniť pomocou príznaku -d. Fastqs je možné zipsovať. [topDir] / splits budú vytvorené, aby obsahovali dočasné rozdelené súbory, a mali by byť vymazané, keď je váš beh dokončený. [topDir] / Zarovnané sa vytvorí pre konečné súbory vrátane súborov hic, štatistík, platných párov (merged_nodups), kolízií a anotácií objektov.
  • Fronty sú komplikované a je pravdepodobné, že budete musieť upraviť skript pre váš systém, aj keď sme sa snažili vyhnúť tomu. Predvolene existuje krátky a dlhý rad. Umožňujeme vám tiež čakať na čakacie doby pre tieto fronty, ktoré verzie UGER a SLURM v súčasnosti ignorujú. Krátka fronta by mala byť schopná dokončiť zarovnanie jedného rozdeleného súboru. Dlhý rad je určený pre úlohy, pri ktorých očakávame, že to chvíľu potrvá, napríklad vypísanie súboru merged_sort
  • Veľkosť kusu je úzko spojené s vašimi radmi, menšia veľkosť bloku znamená viac úloh zarovnania, ktoré sa dokončia za rýchlejší čas. Ak máte obmedzený počet úloh, nechcete mať príliš malý kúsok. Ak má vaša krátka fronta veľmi obmedzený runtime strop, nechcete mať príliš veľkú veľkosť bloku. Čas spustenia zarovnania bude závisieť aj od údajov o vašom klastri. Štartujeme

Podrobnú dokumentáciu o nástrojoch príkazového riadku nájdete na wiki:

Ak chcete spustiť nástroje príkazového riadku, použite shell skript „juicer_tools“ v systéme Unix / MacOS alebo zadajte


Výukový program pre pokročilé protokolovanie¶

Knižnica protokolovania využíva modulárny prístup a ponúka niekoľko kategórií komponentov: protokolovače, obslužné programy, filtre a formátovacie nástroje.

Drevorubači vystavujú rozhranie, ktoré priamo používa aplikačný kód.

Obslužné programy odosielajú protokolové záznamy (vytvorené záznamníkmi) na príslušné miesto určenia.

Filtre poskytujú jemnejšie zariadenie na určovanie toho, ktoré záznamy denníka sa majú vydať.

Formátory určujú rozloženie záznamov protokolu v konečnom výstupe.

Informácie o udalosti protokolu sa prenášajú medzi záznamníkmi, obslužnými programami, filtrami a formátovačmi v inštancii LogRecord.

Protokolovanie sa vykonáva volaním metód v inštanciách triedy Logger (ďalej nazývaných) drevorubači). Každá inštancia má názov a sú koncepčne usporiadané v hierarchii menného priestoru pomocou bodiek (bodiek) ako oddeľovačov. Napríklad záznamník s názvom „skenovanie“ je rodičom protokolov „sken.text“, „sken.html“ a „sken.pdf“. Názvy protokolovačov môžu byť akékoľvek, čo chcete, a označujú oblasť aplikácie, v ktorej zaznamenaná správa pochádza.

Dobrou konvenciou, ktorú je potrebné použiť pri pomenovaní protokolovacích nástrojov, je použitie protokolovacieho modulu na úrovni modulu v každom module, ktorý používa protokolovanie, pomenovaný takto:

To znamená, že názvy záznamníkov sledujú hierarchiu balíkov / modulov a je intuitívne zrejmé, kde sa udalosti zaznamenávajú iba z názvu záznamníka.

Koreň hierarchie protokolovačov sa nazýva root logger. Toto je záznamník používaný funkciami debug (), info (), warning (), error () a critical (), ktoré práve volajú metódu rovnakého mena koreňového záznamníka. Funkcie a metódy majú rovnaké podpisy. Názov koreňového záznamníka je na protokolovanom výstupe vytlačený ako „root“.

Je samozrejme možné protokolovať správy do rôznych cieľov. Balík obsahuje podporu pre zápis protokolových správ do súborov, umiestnení HTTP GET / POST, e-mailov cez SMTP, generických zásuviek, frontov alebo mechanizmov protokolovania špecifických pre OS, ako je syslog alebo protokol udalostí Windows NT. Ciele obsluhuje psovod triedy. Môžete si vytvoriť vlastnú cieľovú triedu denníka, ak nemáte špeciálne požiadavky, ktoré nespĺňa žiadna z integrovaných tried obslužných programov.

V predvolenom nastavení nie je pre žiadne protokolovacie správy nastavený žiadny cieľ. Cieľ môžete určiť (napríklad konzola alebo súbor) pomocou basicConfig () ako v príkladoch tutoriálu. Ak zavoláte funkcie debug (), info (), warning (), error () a critical (), skontrolujú, či nie je nastavený žiadny cieľ a či nie je nastavený, nastavia cieľ konzoly (sys.stderr) a predvolený formát zobrazenej správy pred delegovaním na koreňový protokolovač na vykonanie skutočného výstupu správy.

Predvolený formát nastavený metódou basicConfig () pre správy je:

Môžete to zmeniť odovzdaním formátovacieho reťazca do basicConfig () pomocou formát argument kľúčového slova. Všetky možnosti týkajúce sa spôsobu zostavenia formátovacieho reťazca nájdete v časti Objekty formátovača.

Tok protokolovania

Tok informácií o udalostiach protokolu v protokolovačoch a obslužných rutinách je znázornený na nasledujúcom diagrame.

Drevorubači¶

Objekty ťažby dreva majú trojakú prácu. Najskôr vystavia aplikačnému kódu niekoľko metód, aby aplikácie mohli zaznamenávať správy za behu. Po druhé, objekty protokolovania určujú, podľa ktorých protokolových správ sa má konať, na základe závažnosti (predvolené filtračné zariadenie) alebo objektov filtrácie. Po tretie, objekty protokolovacieho protokolu odovzdávajú príslušné správy protokolu všetkým zainteresovaným spracovateľom protokolov.

Najbežnejšie používané metódy na protokolových objektoch spadajú do dvoch kategórií: konfigurácia a odosielanie správ.

Toto sú najbežnejšie spôsoby konfigurácie:

Logger.setLevel () určuje správu protokolu s najnižšou závažnosťou, ktorú bude protokolovač spracovávať, pričom ladenie je najnižšia zabudovaná úroveň závažnosti a kritická je najvyššia integrovaná závažnosť. Napríklad ak je úroveň závažnosti INFO, záznamník bude spracovávať iba správy INFO, VÝSTRAHA, CHYBA a KRITICKÉ a bude ignorovať správy LADENIE.

Logger.addHandler () a Logger.removeHandler () pridávajú a odstraňujú obslužné objekty z objektu protokolovania. Manipulátorom sa podrobnejšie venujeme v Handleroch.

Logger.addFilter () a Logger.removeFilter () pridávajú a odoberajú objekty filtra z objektu protokolovania. Filtrom sa podrobnejšie venujeme v Objektoch filtra.

Tieto metódy nemusíte volať vždy pri každom vytvorenom záznamníku. Pozri posledné dva odseky v tejto časti.

S nakonfigurovaným objektom záznamníka vytvárajú správy protokolu nasledujúce metódy:

Logger.debug (), Logger.info (), Logger.warning (), Logger.error () a Logger.critical () vytvárajú záznamy protokolu so správou a úrovňou, ktorá zodpovedá ich príslušným názvom metód. Správa je v skutočnosti formátovací reťazec, ktorý môže obsahovať štandardnú syntax substitúcie reťazcov% s,% d,% f atď. Zvyšok ich argumentov je zoznam objektov, ktoré zodpovedajú substitučným poliam v správe. Pokiaľ ide o ** kwargs, metódy protokolovania sa starajú iba o kľúčové slovo exc_info a pomocou neho sa určuje, či sa majú zaznamenávať informácie o výnimkách.

Logger.exception () vytvorí správu protokolu podobnú Logger.error (). Rozdiel je v tom, že Logger.exception () vypíše spolu s ním stopu zásobníka. Túto metódu volajte iba od obsluhy výnimiek.

Logger.log () berie úroveň protokolu ako explicitný argument. Pre protokolovanie správ je to o niečo podrobnejšie ako použitie metód pohodlia na úrovni protokolu uvedených vyššie, ale takto sa môžete prihlásiť na vlastných úrovniach protokolu.

getLogger () vráti odkaz na inštanciu loggeru so zadaným názvom, ak je uvedený, alebo root, ak nie. Názvy sú bodovo oddelené hierarchické štruktúry. Viaceré volania funkcie getLogger () s rovnakým názvom vrátia odkaz na rovnaký objekt záznamníka. Protokolári, ktorí sú ďalej v hierarchickom zozname, sú potomkami protokolovačov vyššie v zozname. Napríklad, keďže dostali protokolovač s menom foo, všetci protokolovači s menami foo.bar, foo.bar.baz a foo.bam sú potomkami foo.

Drevorubači majú koncept efektívna úroveň. Ak úroveň nie je explicitne nastavená v záznamníku, namiesto jej efektívnej úrovne sa použije úroveň jej rodiča. Ak rodič nemá nastavenú explicitnú úroveň, jeho skúma sa rodič atď. - prehľadávajú sa všetci predkovia, kým sa nenájde explicitne nastavená úroveň. Root logger má vždy nastavenú explicitnú úroveň (štandardne UPOZORNENIE). Pri rozhodovaní o tom, či spracovať udalosť, sa na základe efektívnej úrovne protokolovacieho zariadenia určí, či sa udalosť odovzdá obsluhujúcim nástrojom protokolovacieho nástroja.

Podradené protokolovače propagujú správy až po obslužné programy spojené s ich protokolovými záznamami predkov. Z tohto dôvodu nie je potrebné definovať a konfigurovať obslužné programy pre všetky protokoly, ktoré aplikácia používa. Postačí nakonfigurovať obslužné rutiny pre protokolovač najvyššej úrovne a podľa potreby vytvoriť podradené protokoly. (Šírenie však môžete vypnúť nastavením hodnoty množiť sa atribút záznamníka na hodnotu False.)

Manipulátori¶

Objekty obslužnej rutiny sú zodpovedné za odoslanie príslušných správ protokolu (na základe závažnosti správ protokolu) do určeného cieľa obsluhy. Objekty protokolovacieho zariadenia môžu k sebe pridať nula alebo viac objektov obslužnej rutiny pomocou metódy addHandler (). Ako príklad scenára môže aplikácia chcieť odosielať všetky správy denníka do súboru denníka, všetky správy denníka chýb alebo novšie správy na štandardný výstup a všetky správy kritické na e-mailovú adresu. Tento scenár vyžaduje tri individuálne obslužné programy, kde každý obslužný program je zodpovedný za zasielanie správ konkrétnej závažnosti na konkrétne miesto.

Štandardná knižnica obsahuje pomerne veľa typov obslužných rutín (pozri Užitočné obslužné rutiny), ktoré tutoriály vo svojich príkladoch používajú hlavne StreamHandler a FileHandler.

Existuje iba veľmi málo metód, ktoré by vývojári aplikácií mali mať na starosti. Jediné metódy obsluhy, ktoré sa zdajú byť relevantné pre vývojárov aplikácií, ktorí používajú vstavané objekty obsluhy (tj. Nevytvárajú vlastné obslužné rutiny), sú nasledujúce metódy konfigurácie:

Metóda setLevel (), rovnako ako v objektoch protokolovacieho zariadenia, určuje najnižšiu závažnosť, ktorá sa odošle na príslušné miesto určenia. Prečo existujú dve metódy setLevel ()? Úroveň nastavená v protokole určuje, ktorá závažnosť správ sa bude odosielať jeho spracovateľom. Úroveň nastavená v každom obslužnom programe určuje, na ktoré správy bude tento obslužný program odosielať.

setFormatter () vyberie objekt formátovača, ktorý má tento obslužný program použiť.

addFilter () a removeFilter () príslušne konfigurujú a dekonfigurujú objekty filtra na obslužných rutinách.

Kód aplikácie by nemal priamo vytvárať inštancie a používať inštancie obslužnej rutiny. Namiesto toho je trieda obslužnej rutiny základnou triedou, ktorá definuje rozhranie, ktoré by mali mať všetky obslužné rutiny, a ustanovuje predvolené správanie, ktoré môžu podriadené triedy používať (alebo prepísať).

Formátovače¶

Objekty formátovacieho modulu konfigurujú konečné poradie, štruktúru a obsah správy protokolu. Na rozdiel od základnej triedy logging.Handler môže kód aplikácie vytvoriť inštanciu tried formátovacích nástrojov, aj keď je možné, že vaša aplikácia vyžaduje špeciálne správanie, formátovač by ste pravdepodobne mohli podtriediť. Konštruktor má tri voliteľné argumenty - reťazec formátu správy, reťazec formátu dátumu a indikátor štýlu.

logovanie. Formát. __init__ ( fmt = Žiadne, datefmt = Žiadne, style = '%' ) ¶

Ak nie je k dispozícii žiadny reťazec formátu správy, predvoleným nastavením je použitie nespracovanej správy. Ak neexistuje žiadny reťazec formátu dátumu, predvolený formát dátumu je:

s milisekundami na konci na konci. Štýl je jeden z%, „<“ alebo „$“. Ak jeden z nich nie je uvedený, použije sa „%“.

Zmenené vo verzii 3.2: Pridaný parameter style.

Nasledujúci reťazec formátu správy zaznamená čas v formáte čitateľnom pre človeka, závažnosť správy a obsah správy v tomto poradí:

Formátory používajú na konfiguráciu používateľa funkciu na prevod času vytvorenia záznamu na n-ticu. V predvolenom nastavení sa na zmenu pre konkrétnu inštanciu formátovača používa time.localtime (), atribút prevodníka inštancie nastavte na funkciu s rovnakým podpisom ako time.localtime () alebo time.gmtime (). Ak ho chcete zmeniť pre všetkých formátovačov, napríklad ak chcete, aby sa všetky časy protokolovania zobrazovali v GMT, nastavte atribút prevodníka v triede Formatter (na time.gmtime pre zobrazenie GMT).

Konfigurácia protokolovania¶

Programátori môžu konfigurovať protokolovanie tromi spôsobmi:

Vytváranie protokolovacích nástrojov, obslužných rutín a formátovacích nástrojov explicitne pomocou kódu Pythonu, ktorý volá vyššie uvedené konfiguračné metódy.

Vytvorenie konfiguračného súboru protokolovania a jeho načítanie pomocou funkcie fileConfig ().

Vytvorenie slovníka konfiguračných informácií a ich odovzdanie funkcii dictConfig ().

Referenčnú dokumentáciu k posledným dvom možnostiam nájdete v časti Konfiguračné funkcie. Nasledujúci príklad konfiguruje veľmi jednoduchý protokolovací program, obslužný program konzoly a jednoduchý formátovač pomocou kódu Pythonu:

Spustenie tohto modulu z príkazového riadku vyprodukuje nasledujúci výstup:

Nasledujúci modul Python vytvára záznamník, obslužný program a formátovač takmer identický s tými, ktoré sú uvedené v príklade uvedenom vyššie, s jediným rozdielom v názvoch objektov:

Tu je súbor logging.conf:

Výstup je takmer totožný s výstupom príkladu bez konfigurácie súboru:

Vidíte, že prístup ku konfiguračným súborom má oproti prístupu s kódom Python niekoľko výhod, hlavne oddelenie konfigurácie a kódu a schopnosť nekódovačov ľahko upraviť vlastnosti protokolovania.

Funkcia fileConfig () má predvolený parameter, disable_existing_loggers, ktorý je z dôvodu spätnej kompatibility predvolený na hodnotu True. Toto môže alebo nemusí byť to, čo chcete, pretože to spôsobí deaktiváciu všetkých protokolovačov typu non-root, ktoré existujú pred volaním fileConfig (), pokiaľ nie sú v konfigurácii výslovne pomenované (alebo predok). Ďalšie informácie nájdete v referenčnej dokumentácii. Ak chcete, zadajte pre tento parameter hodnotu False.

Slovník odovzdaný funkcii dictConfig () môže tiež určiť boolovskú hodnotu s kľúčom disable_existing_loggers, ktorá, ak nie je výslovne uvedená v slovníku, bude tiež predvolene interpretovaná ako True. To vedie k popísaniu vyššie popísaného správania loggeru, ktoré nemusí byť také, aké chcete - v takom prípade zadajte kľúč výslovne hodnotu False.

Upozorňujeme, že názvy tried, na ktoré sa odkazuje v konfiguračných súboroch, musia byť buď relatívne k protokolovaciemu modulu, alebo musia byť absolútne hodnoty, ktoré je možné vyriešiť pomocou bežných mechanizmov importu. Môžete teda použiť buď WatchedFileHandler (vo vzťahu k modulu protokolovania), alebo mypackage.mymodule.MyHandler (pre triedu definovanú v balíku mypackage a module mymodule, kde je mypackage k dispozícii na ceste importu Pythonu).

V Pythone 3.2 bol predstavený nový spôsob konfigurácie protokolovania, ktorý používa slovníky na uchovávanie informácií o konfigurácii. Poskytuje to nadmnožinu funkcií prístupu založeného na konfiguračných súboroch, ktorý je uvedený vyššie, a predstavuje odporúčanú metódu konfigurácie pre nové aplikácie a nasadenia. Pretože slovník Python sa používa na uchovávanie informácií o konfigurácii, a keďže ho môžete vyplniť rôznymi prostriedkami, máte viac možností konfigurácie. Na vyplnenie konfiguračného slovníka môžete napríklad použiť konfiguračný súbor vo formáte JSON alebo, ak máte prístup k funkciám spracovania YAML, súbor vo formáte YAML. Alebo môžete samozrejme slovník zostaviť v kóde Python, prijať ho v nakladanej forme cez soket alebo použiť akýkoľvek prístup, ktorý má pre vašu aplikáciu zmysel.

Tu je príklad rovnakej konfigurácie, ako je uvedené vyššie, vo formáte YAML pre nový prístup založený na slovníkoch:

Viac informácií o protokolovaní pomocou slovníka nájdete v časti Konfiguračné funkcie.

Čo sa stane, ak nie je poskytnutá žiadna konfigurácia¶

Ak nie je poskytnutá žiadna konfigurácia protokolovania, je možné, že nastane situácia, keď bude potrebné vygenerovať protokolovaciu udalosť, ale nenájdu sa nijaké manipulátory, ktoré by ju mohli vygenerovať. Chovanie protokolovacieho balíka za týchto okolností závisí od verzie Pythonu.

Vo verziách Pythonu starších ako 3.2 je toto správanie nasledovné:

Ak logging.raiseExceptions je False (produkčný režim), udalosť je ticho zrušená.

Ak logging.raiseExceptions je True (vývojový režim), raz sa vytlačí správa „Pre záznamník X.Y.Z sa nenašli žiadne manipulátory“.

V Pythone 3.2 a novších sa chová takto:

Udalosť sa generuje pomocou „obslužného programu poslednej inštancie“ uloženého v protokolovaní.lastResort. Tento interný obslužný program nie je spojený so žiadnym záznamníkom a funguje ako StreamHandler, ktorý zapisuje správu s popisom udalosti na aktuálnu hodnotu sys.stderr (preto rešpektuje akékoľvek prípadné presmerovania). Správa sa nijako neformátuje - vytlačí sa iba holá správa s popisom udalosti. Úroveň obslužného programu je nastavená na VÝSTRAHU, takže sa budú vysielať všetky udalosti tejto a vyššej závažnosti.

Ak chcete získať správanie pred 3.2, protokolovanie.lastResort je možné nastaviť na Žiadne.

Konfigurácia protokolovania pre knižnicu¶

Pri vývoji knižnice, ktorá využíva protokolovanie, by ste mali dbať na to, aby ste zdokumentovali, ako knižnica využíva protokolovanie - napríklad názvy použitých protokolovacích nástrojov. Určitú pozornosť je potrebné venovať jeho konfigurácii protokolovania. Ak používajúca aplikácia nepoužíva protokolovanie a kód knižnice umožňuje protokolovanie hovorov, potom sa (ako je opísané v predchádzajúcej časti) udalosti závažnosti VÝSTRAHA a vyššie vytlačia na server sys.stderr. Toto sa považuje za najlepšie predvolené správanie.

Ak z nejakého dôvodu ty nie Ak chcete, aby sa tieto správy tlačili bez akejkoľvek konfigurácie protokolovania, môžete do záznamníka najvyššej úrovne svojej knižnice pripojiť obslužný program ničoho. Takto sa zabráni vytlačeniu správy, pretože pre udalosti knižnice sa vždy nájde obslužný program: jednoducho neprodukuje žiadny výstup. Ak užívateľ knižnice konfiguruje protokolovanie pre použitie aplikácie, pravdepodobne táto konfigurácia pridá nejaké obslužné programy a ak sú úrovne vhodne nakonfigurované, potom protokolovacie volania uskutočnené v kóde knižnice pošlú výstup týmto obslužným programom, ako je obvyklé.

V balíku protokolovania je zahrnutý obslužný program ničoho: NullHandler (od verzie Python 3.1). Inštancia tohto obslužného programu by mohla byť pridaná do záznamníka najvyššej úrovne v protokolovom mennom priestore používanom knižnicou (ak chcete zabrániť výstupu protokolovaných udalostí vašej knižnice do sys.stderr bez konfigurácie protokolovania). Ak sa všetko prihlasuje z knižnice foo sa vykonáva pomocou protokolovacích strojov s menami zodpovedajúcimi výrazom „foo.x“, „foo.x.y“ atď., potom kód:

by mali mať požadovaný účinok. If an organisation produces a number of libraries, then the logger name specified can be ‘orgname.foo’ rather than just ‘foo’.

It is strongly advised that you do not add any handlers other than NullHandler to your library’s loggers. This is because the configuration of handlers is the prerogative of the application developer who uses your library. The application developer knows their target audience and what handlers are most appropriate for their application: if you add handlers ‘under the hood’, you might well interfere with their ability to carry out unit tests and deliver logs which suit their requirements.


It is better to store all API keys and passwords in separate configuration files that are usually not stored and distributed together with the source code. That gives a lot of flexibility.

So we create a file called config.ini with the following content:

Where of course I put the API-key from Open Weather Maps.

In the code we have the get_api_key function that uses the configparser standard library to read the INI file.

We also use the requests module to send the API request and then to convert the resulting JSON into a Python dictionary.


9.10. distutils.file_util — Single file operations¶

This module contains some utility functions for operating on individual files.

distutils.file_util. copy_file ( src, dst [ , preserve_mode=1, preserve_times=1, update=0, link=None, verbose=0, dry_run=0 ] ) ¶

Copy file src do dst. Ak dst is a directory, then src is copied there with the same name otherwise, it must be a filename. (If the file exists, it will be ruthlessly clobbered.) If preserve_mode is true (the default), the file’s mode (type and permission bits, or whatever is analogous on the current platform) is copied. Ak preserve_times is true (the default), the last-modified and last-access times are copied as well. Ak update is true, src will only be copied if dst does not exist, or if dst does exist but is older than src.

link allows you to make hard links (using os.link() ) or symbolic links (using os.symlink() ) instead of copying: set it to 'hard' or 'sym' if it is None (the default), files are copied. Don’t set link on systems that don’t support it: copy_file() doesn’t check if hard or symbolic linking is available. It uses _copy_file_contents() to copy file contents.

Return a tuple (dest_name, copied) : dest_name is the actual name of the output file, and copied is true if the file was copied (or would have been copied, if dry_run true).

distutils.file_util. move_file ( src, dst [ , verbose, dry_run ] ) ¶

Move file src do dst. Ak dst is a directory, the file will be moved into it with the same name otherwise, src is just renamed to dst. Returns the new full name of the file.

Handles cross-device moves on Unix using copy_file() . What about other systems?

Create a file called filename a napíš contents (a sequence of strings without line terminators) to it.


  • Backward incompatibility: longintrepr.h now triggers a compile-time error if SHIFT (the number of bits in a Python long "digit") isn't divisible by 5. This new requirement allows simple code for the new 5-bits-at-a-time long_pow() implementation. If necessary, the restriction could be removed (by complicating long_pow(), or by falling back to the 1-bit-at-a-time algorithm), but there are no plans to do so.
  • bug #991962: When building with --disable-toolbox-glue on Darwin no attempt to build Mac-specific modules occurs.
  • The --with-tsc flag to configure to enable VM profiling with the processor's timestamp counter now works on PPC platforms.
  • patch #1006629: Define _XOPEN_SOURCE to 500 on Solaris 8/9 to match GCC's definition and avoid redefinition warnings.
  • Detect pthreads support (provided by gnu pth pthread emulation) on GNU/k*BSD systems.
  • bug #1005737, #1007249: Fixed several build problems and warnings found on old/legacy C compilers of HP-UX, IRIX and Tru64.
  • patch #1005936, bug #1009373: fix index entries which contain an underscore when viewed with Acrobat.
  • bug #990669: os.path.normpath may alter the meaning of a path if it contains symbolic links. This has been documented in a comment since 1992, but is now in the library reference as well.

Running the app

Everything should now be in place to perform the direct uploads to S3. To test the upload, save any changes and use heroku local to start the application:

You will need a Procfile for this to be successful. See Getting Started with Python on Heroku for information on the Heroku CLI and running your app locally. Also remember to correctly set your environment variables on your own machine before running the application locally.

Press Ctrl+C to return to the prompt. If your application is returning 500 errors (or other server-based issues), then start your server in debug mode and view the output in the Terminal emulator to help fix your problem. For example, in Flask:


Pozri si video: QGIS Python PyQGIS - Create a Custom Processing Script for QGIS in the Processing Toolbox (Október 2021).